Le suspect (inhabituel) de nouveau coronavirus d'origine chauve-souris

cmjis 4 infographie 13 févr.2020
cmjis 4 infographie 13 févr.2020

A une étude récente identifie le nouveau coronavirus responsable de l'épidémie de pneumonie dans la province chinoise du Hubei—Le virus d'origine chauve-souris est lié à d'autres coronavirus pathogènes connus

La 2019 nouveau coronavirus (CoV) provoque une pneumonie mortelle qui a fait plus de 1300 morts, avec plus de 52000 cas confirmés d'infection par 13 février 2020, le tout en un peu plus d'un mois. Mais quel est ce virus? S'agit-il d'un tout nouveau virus? D'où vient-il? Des scientifiques des meilleurs instituts de recherche en Chine se sont associés pour répondre à ces questions, et cette étude pionnière a été publiée dans Journal médical chinois.

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Début décembre, quelques personnes de la ville de Wuhan, dans la province chinoise du Hubei, ont commencé à tomber malades après s'être rendues sur un marché de fruits de mer local. Ils ont présenté des symptômes tels que toux, fièvre et essoufflement, et même des complications liées au syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Le diagnostic immédiat était une pneumonie, mais la cause exacte était inexpliquée. Qu'est-ce qui a causé cette nouvelle épidémie? S'agit-il du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) -CoV? S'agit-il du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) -CoV? Il s'avère que les scientifiques avaient entrepris une étude pour identifier ce virus en décembre après avoir analysé les premiers cas. Cette étude est maintenant publiée dans Journal médical chinois et l'identité du virus a été établie - il s'agit d'un virus complètement nouveau, étroitement lié au CoV semblable au SRAS de la chauve-souris. Le Dr Jianwei Wang (Académie chinoise des sciences médicales, Institut de biologie des agents pathogènes), chercheur principal de l'étude, déclare: «Notre article a établi l'identité du CoV d'origine chauve-souris qui était inconnue jusqu'à présent. »

Dans cette étude, des scientifiques d'instituts de recherche renommés en Chine, tels que l'Académie chinoise des sciences médicales, l'Institut de biologie des pathogènes, l'hôpital de l'amitié Chine-Japon et le Peking Union Medical College, ont conjointement découvert et identifié le nouveau CoV - le principal coupable de l'épidémie de Wuhan - par séquençage de nouvelle génération (NGS). Ils se sont concentrés sur cinq patients admis à l'hôpital Jin Yin-tan de Wuhan, dont la plupart étaient des travailleurs du marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan. Ces patients avaient une forte fièvre, une toux et d'autres symptômes, et on a initialement diagnostiqué une pneumonie, mais d'une cause inconnue. L'état de certains patients s'est rapidement aggravé en ARDS; un est même mort. Le Dr Wang dit: «Les radiographies thoraciques des patients ont montré des opacités et des consolidations brumeuses, typiques de la pneumonie. Cependant, nous voulions savoir ce qui avait causé la pneumonie, et nos expériences ultérieures ont révélé la cause exacte—Un nouveau CoV qui n'était pas connu auparavant. »

Pour l'étude, les scientifiques ont utilisé des échantillons de liquide de lavage bronchoalvéolaire (BAL) prélevés sur les patients (BAL est une procédure dans laquelle du liquide stérile est transféré aux poumons par un bronchoscope, puis collecté pour analyse).

Tout d'abord, les scientifiques ont tenté d'identifier le virus par séquençage du génome, en utilisant la technologie NGS. La NGS est la méthode de dépistage préférée pour identifier les agents pathogènes inconnus, car elle détecte rapidement et exclut tous les micro-organismes pathogènes connus dans l'échantillon. Sur la base du séquençage de l'ADN / ARN des échantillons de fluide BAL, les scientifiques ont découvert que la plupart des lectures virales appartenaient à la famille CoV. Les scientifiques ont ensuite assemblé les différentes «lectures» qui appartenaient aux CoV et construit une séquence génomique complète pour le nouveau virus; ces séquences étaient similaires de 99.8 à 99.9% parmi tous les échantillons des patients, confirmant que ce virus était l'agent pathogène commun à tous les patients. En outre, en utilisant l'analyse d'homologie, où une séquence génomique est comparée à d'autres séquences génomiques connues (avec un seuil prédéfini de 90% pour qu'elle soit considérée comme une «nouvelle» séquence), ils ont confirmé que la séquence génomique de ce nouveau virus est de 79.0% semblable au SRAS-CoV, environ 51.8% semblable au MERS-CoV, et environ 87.6 à 87.7% semblable aux autres CoV de type SRAS de chauves-souris chinoises (appelés ZC45 et ZXC21). L'analyse phylogénétique a montré que les séquences des cinq souches de CoV obtenues étaient les plus proches de celles des souches dérivées de chauves-souris, mais formaient des branches évolutives séparées. Ces résultats suggèrent clairement que le virus provient de chauves-souris. Le Dr Wang déclare: «Parce que les similitudes du gène de réplicase virale avec tous les autres virus «similaires» connus sont encore inférieures à 90%, et compte tenu également des résultats de l'analyse phylogénétique, nous considérons qu'il s'agit bien d'un nouveau CoV, jusqu'alors inconnu. Ce nouveau virus est temporairement appelé le 2019-ncov. »

Enfin, les scientifiques sont passés à «isoler» le virus des échantillons de fluide BAL en vérifiant si les échantillons de fluide présentaient un effet cytopathique sur les lignées cellulaires en laboratoire. Les cellules exposées aux échantillons de fluide ont été observées au microscope électronique et les scientifiques ont trouvé des structures caractéristiques de type CoV. Ils ont également utilisé l'immunofluorescence, une technique qui utilise des anticorps spécifiques marqués avec des colorants fluorescents. Pour cela, ils ont utilisé le sérum des patients en convalescence (qui contenait des anticorps), qui réagissait avec les particules virales à l'intérieur des cellules; cela a confirmé que ce virus était bien la cause de l'infection.

Cette étude ouvre la voie à de futures études pour mieux comprendre le virus et ses sources, en particulier compte tenu de sa propagation rapide, de sa capacité à provoquer un SDRA mortel et de la panique provoquée par l'épidémie. Bien que 4 des 5 patients chez lesquels ce virus a été identifié provenaient d'un marché de fruits de mer à Wuhan, l'origine exacte de l'infection est inconnue. Le CoV aurait pu être transmis à l'homme par un transporteur «intermédiaire», comme dans le cas du SRAS-CoV (viande de civette de palme) ou du MERS-CoV (chameau). Le Dr Wang conclut: «Tous les CoV humains sont zoonotiques et plusieurs CoV humains proviennent de chauves-souris, y compris les CoV du SRAS et du MERS. Notre étude montre clairement l'urgence d'une surveillance régulière de la transmission des CoV d'origine chauve-souris à l'homme. L'émergence de ce virus est une menace massive pour la santé publique, et par conséquent, il est d'une importance cruciale de comprendre la source de ce virus et de décider des prochaines étapes avant d'assister à une épidémie à plus grande échelle.. »

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