Le CDC confirme que le COVID-19 a déjà été détecté aux États-Unis en janvier

Du 21 janvier au 23 février 2020, les agences de santé publique ont détecté 14 cas américains de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), tous liés à des voyages en provenance de Chine (1,2). Le premier cas américain non lié au voyage a été confirmé le 26 février chez un résident de Californie tombé malade le 13 février (3). Deux jours plus tard, le 28 février, un deuxième cas non lié au voyage a été confirmé dans l'État de Washington (4,5). L'examen de quatre sources de preuves donne un aperçu du moment de l'introduction et de la transmission précoce du SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19, aux États-Unis avant la détection de ces deux cas.

Premièrement, la surveillance syndromique basée sur les dossiers des urgences des comtés touchés au début de la pandémie n'a pas montré d'augmentation des visites pour une maladie de type COVID-19 avant le 28 février. Deuxièmement, un test rétrospectif du SRAS-CoV-2 sur environ 11,000 1 échantillons respiratoires provenant de plusieurs Les sites américains à partir du 20er janvier n'ont identifié aucun résultat positif avant le 18 février. Troisièmement, l'analyse des séquences d'ARN viral des premiers cas a suggéré qu'une seule lignée de virus importée directement ou indirectement de Chine a commencé à circuler aux États-Unis entre le 9 janvier et le 2 février. par plusieurs importations de SRAS-CoV-XNUMX en provenance d'Europe.

Enfin, la survenue de trois cas, un chez un résident californien décédé le 6 février, un second chez un autre résident du même comté décédé le 17 février et un troisième chez un passager ou membre d'équipage non identifié à bord d'un navire de croisière du Pacifique qui est parti Le 11 février, San Francisco confirme la circulation cryptique du virus début février. Ces données indiquent qu'une transmission communautaire soutenue avait commencé avant la détection des deux premiers cas américains non liés au voyage, résultant probablement de l'importation d'une seule lignée de virus en provenance de Chine fin janvier ou début février, suivie de plusieurs importations en provenance d'Europe. L'émergence généralisée du COVID-19 à travers les États-Unis après février souligne l'importance de systèmes de santé publique robustes pour répondre rapidement aux menaces infectieuses émergentes.

Surveillance syndromique

Grâce au programme national de surveillance syndromique, les agences de santé publique américaines reçoivent des données en temps réel des services d'urgence d'environ 4,000 47 établissements de soins de santé dans 14 États américains et dans le district de Columbia. Dans 19 comtés présentant des cas précoces de COVID-19 acquis dans la communauté, aucune augmentation substantielle n'a été observée dans la proportion de maladies de type COVID-28 (fièvre et toux ou essoufflement ou difficulté à respirer, ou liste d'un code de diagnostic de coronavirus) avant le XNUMX février.

Surveillance de l'infection aiguë par le SRAS-CoV-2 L'étude de Seattle sur la grippe (5) a commencé à surveiller les maladies respiratoires aiguës dans la région métropolitaine de Seattle en novembre 2018. Fin février 2020, l'étude a commencé à tester des échantillons en utilisant la transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT- PCR) pour le SARS-CoV-2. Le premier résultat de laboratoire positif pour le SRAS-CoV-2 a été détecté le 28 février à partir d'un échantillon prélevé le 24 février. Après cette détection, des échantillons désidentifiés prélevés plus tôt ont été testés rétrospectivement pour le virus. Il n'y a eu aucun résultat positif parmi 5,270 1 échantillons respiratoires prélevés du 20er janvier au 5 février (6) (T. Bedford, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, Washington, communication personnelle, 2020 mai 21). Le premier échantillon testé positif parmi ces échantillons testés rétrospectivement avait été collecté le 21 février. Au cours de la semaine du 1,255 février, huit des 0.6 29 échantillons (1,862%) ont été testés positifs, et la semaine suivante, 1.6 des 2 497 (19%) échantillons ont été testés. positif. Deux réseaux d'études sur l'efficacité des vaccins antigrippaux avec des sites dans six États (Michigan, Pennsylvanie, Tennessee, Texas, Washington et Wisconsin) ont testé rétrospectivement des échantillons respiratoires de patients atteints d'une maladie respiratoire aiguë pour le SRAS-CoV-24 par RT-PCR. Sur le site de Washington, aucun des 25 spécimens recueillis entre le 2,620 janvier et le 19 février n'a été testé positif; le premier spécimen testé positif a été collecté le 29 février. Sur les cinq autres sites (Ann Arbor et Detroit, Michigan; Pittsburgh, Pennsylvanie; Temple, Texas; Marshfield, Wisconsin; et Nashville, Tennessee), aucun des 2 22 échantillons prélevés en janvier Du 2020 au 0.2 février, les tests ont été positifs pour le SRAS-CoV-3,000. Au 18 mai 1, quatre (<31%) des quelque 2 20 échantillons prélevés sur des enfants et adolescents âgés de moins de XNUMX ans inscrits au New Vaccine Surveillance Network † entre le XNUMXer janvier et le XNUMX mars ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-XNUMX. Le premier résultat positif provenait d'un spécimen prélevé le XNUMX mars à Seattle.

Analyse phylogénétique

L'analyse de la diversité génomique du SRAS-CoV-2 à partir des premiers cas de COVID-19 de la région de Seattle a révélé que la plupart des virus appartenaient à un seul clade (le clade de l'État de Washington), dont l'ancêtre commun le plus récent aurait existé entre environ 18 janvier et 9 février (estimation ponctuelle = 1er février) .§ La séquence génomique prédite de ce virus progéniteur était cohérente avec celle du premier cas américain de COVID-19 importé, survenu chez un homme arrivé à Seattle en provenance de Wuhan, Chine , le 15 janvier et tomba malade 4 jours plus tard. Cependant, il est également possible que le clade de l'État de Washington provienne d'un virus avec une séquence similaire ou identique d'une autre personne infectée par le SRAS-CoV-2. L'analyse des virus en Californie et dans le nord-est des États-Unis de février à la mi-mars a suggéré qu'il y avait eu plusieurs importations de virus, principalement d'Europe, suivies d'une transmission du virus aux États-Unis.

Cas connus chez des personnes sans antécédents de voyage pertinents

Avant le 26 février, deux cas notables de COVID-19 sont survenus dans le comté de Santa Clara, en Californie: l'un chez une femme tombée malade le 31 janvier et décédée le 6 février et l'autre chez un homme non apparenté décédé à la maison entre le 13 et le 17 février. Aucun des deux n'avait voyagé à l'étranger dans les semaines précédant leur décès. L'ARN du SRAS-CoV-2 a été détecté par RT-PCR au CDC à partir d'échantillons de tissus post-mortem de ces patients. Ces décès ont été certifiés par un médecin légiste comme étant des décès associés au COVID-19. L'enquête sur ces cas est en cours. Des éclosions de COVID-19 se sont produites au cours de deux voyages consécutifs d'un navire de croisière Grand Princess (7). La séquence génomique des virus de ces épidémies se situait dans le clade de l'État de Washington, ce qui suggère qu'un passager ou un membre d'équipage infecté par ce virus se trouvait à bord du navire lorsqu'il a quitté le port de San Francisco le 11 février pour une croisière aller-retour. L'identité de cette personne est inconnue. Discussion Les informations provenant de ces diverses sources de données suggèrent qu'une transmission communautaire limitée du SRAS-CoV-2 aux États-Unis s'est produite entre la seconde moitié de janvier et le début de février, à la suite d'une importation de SRAS-CoV-2 de Chine. Cette importation a initié une lignée, le clade de l'État de Washington, qui s'est ensuite répandue dans toute la région métropolitaine de Seattle et peut-être ailleurs. Plusieurs importations de SRAS-CoV-2 en provenance d'Europe ont suivi en février et mars. On ne sait pas combien d'US des infections sont survenues en février et mars, mais l'incidence globale de la maladie avant le 28 février était trop faible pour être détectée au moyen des données de surveillance syndromique des services d'urgence. Les dates d'entrée des virus importés aux États-Unis et l'identité des personnes qui les ont transportés sont également inconnues. Une source précoce possible est le premier rapport aux États-Unis cas de COVID-19, survenu chez un homme de Washington tombé malade le 19 janvier après son retour de Wuhan, Chine, le 15 janvier; la séquence génomique du virus isolé de cet homme est compatible avec le fait qu'il est la source possible du clade de l'État de Washington, bien que la rigueur de l'enquête de contact de ce cas et l'absence de cas secondaires identifiés plaident contre cela (8). Cependant, des rapports publiés ultérieurement ont indiqué que l'infection par le SRAS-CoV-2 est souvent asymptomatique et que la transmission peut se produire avant l'apparition des symptômes (9). La possibilité d'une transmission présymptomatique soulève au moins trois autres scénarios potentiels impliquant ce cas: 1) qu'une ou plusieurs infections asymptomatiques secondaires pourraient s'être produites parmi les contacts du patient et que celles-ci ont conduit à une propagation non détectée du virus; 2) que l'homme pourrait avoir infecté des contacts avant l'apparition de ses symptômes (ces contacts n'auraient pas été identifiés par l'enquête de contact standard recommandée à ce moment); ou 3) que lui et au moins une autre personne ont été infectés par un autre passager sur le même vol au départ de Wuhan et qu'une propagation non détectée des autres personnes infectées a donné naissance au clade de l'État de Washington. Le cas échéant, lequel de ces scénarios s'est produit ne sera probablement jamais connu. Il est également possible, étant donné la diversité phylogénétique mondiale limitée du SRAS-CoV-2 à l'époque, que le clade de l'État de Washington ait été importé aux États-Unis par une autre personne inconnue à peu près au même moment. Les résultats des tests sérologiques ne sont pas présentés ici, car la sérologie (c'est-à-dire la recherche d'anticorps anti-SRAS-CoV-2) est probablement un moyen relativement insensible de détecter un virus nouvellement émergent, en particulier lorsque les échantillons ont été prélevés au hasard plutôt que sur les personnes les plus susceptibles d'être infectées (contrairement, par exemple, aux tests viraux des patients ambulatoires ou hospitalisés atteints d'une maladie respiratoire aiguë) et parce que les tests sérologiques ne s'approchent généralement pas de 100% de spécificité à moins qu'une forme de test de confirmation ne soit disponible. Par exemple, une enquête sérologique hypothétique dans la région métropolitaine de Seattle (population de 3.5 millions d'habitants) menée après les 3,500 premières infections trouverait une véritable séroprévalence de 0.1%, alors que l'utilisation d'un test avec une spécificité de 99% devrait produire des faux positifs. dans 10 fois plus d'échantillons. Les enquêtes sérologiques, néanmoins, sont utiles pour suivre la progression de la pandémie une fois établie et ont l'avantage potentiel de détecter toutes les infections, quel que soit le profil des symptômes. Les conclusions de ce rapport sont soumises à au moins trois limites. Premièrement, les données présentées ici sont rétrospectives. Bien qu'ils soient géographiquement diversifiés, ils ne peuvent pas fournir une image aussi définitive de la transmission que celle qui serait disponible si des tests généralisés avaient été immédiatement disponibles après la découverte du virus. Deuxièmement, certaines des études citées et peut-être d'autres continuent de tester des échantillons rétrospectivement et pourraient trouver des cas plus anciens que ceux présentés dans ce rapport. Enfin, l'homogénéité phylogénétique relative du SRAS-CoV-2 dans le monde en janvier et début février a limité ce qui pouvait être déduit de l'analyse génomique. Peu de pays ont évité l'importation et la propagation durable du COVID-19. Aux États-Unis, le SRAS-CoV-2 circule désormais largement après plusieurs importations en provenance de Chine, d'Europe et d'ailleurs. Des démarches sont en cours partout aux États-Unis système de santé publique pour améliorer les indicateurs de l'activité du SRAS-CoV-2, notamment en étendant la surveillance syndromique dans les services d'urgence et en augmentant la disponibilité des tests de dépistage du SRAS-CoV-2. Compte tenu de la probabilité que la plupart des États-Unis

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