Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis ont lancé un consortium pour lancer un réseau national de laboratoires de séquençage qui accélérera la publication des données de séquence du SRAS-CoV-2 dans le domaine public. La publication rapide de données de séquence de coronavirus ouvertes aidera à guider COVID-19 réponse de santé publique, stimuler l'innovation et la découverte, et faire progresser la compréhension de cette pandémie et des futures pandémies.
Ce Séquençage du SRAS-CoV-2 pour les interventions d'urgence en santé publique, l'épidémiologie et la surveillance (SPHERES) consortium, qui élargira considérablement l'utilisation de séquençage du génome entier (WGS) du virus COVID-19. SPHERES fournira des données de séquence cohérentes en temps réel aux équipes d'intervention de santé publique qui enquêtent sur les cas et les grappes de COVID-19 à travers le pays.
Ce nouveau consortium les aidera à mieux comprendre comment le virus se propage, à la fois au niveau national et dans leurs communautés locales. De meilleures données, à leur tour, aideront les responsables de la santé publique à interrompre les chaînes de transmission, à prévenir de nouveaux cas de maladie et à protéger et sauver des vies.
«Les États-Unis sont le leader mondial du séquençage rapide avancé du génome. Cet effort coordonné dans nos laboratoires de santé publique publics, privés, cliniques et universitaires jouera un rôle essentiel dans la compréhension de la transmission, de l'évolution et du traitement du SRAS-CoV-2. Je suis convaincu que nos esprits les plus fins et les plus qualifiés travaillent ensemble pour nous aider à sauver des vies aujourd'hui et demain », a déclaré le directeur du CDC, Robert Redfield, MD
Suivre le virus COVID-19 à mesure qu'il évolue
Les données de séquence génomique peuvent donner un aperçu sans précédent de la biologie du SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19, et aider à définir le paysage changeant de la pandémie. En séquençant les virus à travers les États-Unis, les CDC et d'autres autorités de santé publique peuvent surveiller les changements importants du virus et utiliser ces informations pour guider la recherche des contacts, les efforts d'atténuation de la santé publique et les stratégies de contrôle des infections.
Le consortium SPHERES est un effort ambitieux pour coordonner le séquençage du génome du SRAS-CoV-2 à l'échelle nationale, en organisant des dizaines d'efforts individuels plus petits dans un réseau unique et distribué de laboratoires, d'institutions et d'entreprises. Le consortium combine l'expertise, la technologie et les ressources de 40 départements de santé publique des États et locaux, de plusieurs grands laboratoires cliniques et de plus de deux douzaines d'institutions collaboratrices du gouvernement fédéral, des universités et du secteur privé.
SPHERES établira les meilleures pratiques et les normes de données consensuelles, accélérera le partage de données ouvertes et établira un pool de ressources et d'expertise pour aider à apporter une technologie de pointe à la réponse nationale au COVID-19.
Données SPHERES ouvertes, partagées
Les membres du consortium partagent un engagement à partager rapidement des séquences ouvertes. Ils prévoient de soumettre toutes les données de séquence utiles dans des référentiels publics au National Center for Biotechnology Information (NLM / NCBI) de la Bibliothèque nationale de médecine, à l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID) et dans d'autres référentiels publics de séquences. Cela contribuera à garantir que les données sur les séquences virales à travers les États-Unis soient rapidement disponibles pour la prise de décision en matière de santé publique et librement accessibles aux chercheurs du monde entier.
Les membres du consortium comprennent:
Agences et laboratoires fédéraux
Centers for Disease Control and Prevention, Bureau des détections moléculaires avancées
Argonne National Laboratory
Agence de santé de la défense, Global Infectieux Maladie Surveillance
Administration des aliments et des médicaments
Lawrence Berkeley National Laboratory
Laboratoire National de Los Alamos
Institut national des allergies et des maladies infectieuses, Bureau de la génomique et des technologies de pointe
Institut National des Standards et de la technologie
Centre national d'information sur la biotechnologie de la Bibliothèque nationale de médecine
Walter Reed Army Institute of Research
Laboratoires de santé publique d'État / locaux
Arizona
Californie
Delaware
District de Colombie
Floride
Hawaii
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
Caroline du Nord
Dakota du nord
Nevada
Nouveau Mexique
New York
Utah
Virginie
Washington
Wisconsin
Wyoming
Institutions académique
Université Baylor
L'Université Cornell
Centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson
École de médecine du Mont Sinaï
Université de New York
Northern Arizona University
Université de Buffalo
Université de Californie, Berkeley
Université de Californie, Davis
University of California, Irvine
Université de Californie, Los Angeles
Université de Californie, San Francisco
University of California, Santa Cruz
Université de Chicago
Université du Maryland
Université du Minnesota
Université du Nebraska
Université du Nouveau-Mexique
Université de Washington
Université de Yale
Corporations
Diagnostics Abbott
bioMérieux
Génomique des couleurs
Gingko Bioworks
IDbyDNA
In-Q-Tel
LabCorp
Un codex
Technologies d'Oxford Nanopore
Biosciences du Pacifique
Qiagen
Quest Diagnostics
Vraiment Sciences de la Vie
Les noms des sociétés sont fournis à titre informatif uniquement, et leur inclusion ici ne constitue pas une approbation des sociétés ou de l'un de leurs produits ou services commerciaux par les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.
Instituts de santé publique ou de recherche à but non lucratif
Association des laboratoires de santé publique
Bill et Melinda Gates
Institut large
BioHub de Chan Zuckerberg
Institut Craig Venter
Alliance de santé publique pour l'épidémiologie génomique
Recherche Scripps
Le laboratoire de Jackson
Institut de recherche en génomique translationnelle - Nord
Fondation Walder
Au cours des six dernières années, le programme Office of Advanced Molecular Detection du CDC a investi dans des laboratoires de santé publique fédéraux et étatiques pour étendre l'utilisation de la génomique des pathogènes et d'autres technologies de laboratoire avancées pour la surveillance des maladies infectieuses et la riposte aux épidémies. L'investissement actuel du consortium vise à sauver des vies dans la pandémie de SRAS-CoV-2 et à préparer les États-Unis et le monde à une future riposte à la pandémie.
Pour en savoir plus sur le séquençage génomique ou le travail du CDC dans la détection moléculaire avancée, visitez https://www.cdc.gov/amd/
